ดูหนัง โปเกมอน เดอะ มูฟวี่ ความลับของป่าลึก (Pokémon the Movie: Secrets of the Jungle) ณ ป่าแห่ง Okoya ได้มีโปเกมอนในตำนานชื่อ “Zarude” พบกับเด็กทารกในเปลที่ใกล้ๆ ฝั่งแม่น้ำ “Zarude” ไม่สามารถทิ้งเด็กทารกไว้คนเดียวไม่ได้ จึงนำเด็กทารกคนนั้นมาเป็นลูก และตั้งชื่อให้ว่า “Koko” ซึ่งเผ่าของ “Zarude” อาศัยอยู่ในต้นไม้ขนาดใหญ่ที่อยู่ในป่าลึกและเป็นที่ ที่มนุษย์ไม่สามารถเข้ามาได้
เขาจึงตัดสินใจออกจากเผ่าของตัวเองเพื่อเลี้ยงดู “Koko” 10 ปีต่อมา “Ash Ketchum” และ “Pikachu” ได้ไปเยี่ยมป่าแห่ง Okoya ที่อยู่ใกล้ๆ กับเมือง Milyfa ในขณะที่กำลังจะจับ “Cramorant” ทั้งสองก็ได้เจอกับทีมสำรวจของบริษัท ‘Biotope’ ซึ่งเป็นองค์กรวิทยาศาสตร์ที่ศึกษาเกี่ยวกับป่า “Team Rocket” ได้แอบตามพวกเขา และค้นหาข้อมูลเกี่ยวกับบริษัท ‘Biotope’ กับหัวหน้าของบริษัทที่ชื่อ “Dr. Zed” และได้ตัดสินใจที่จะแทรกซึมเข้าไปในกลุ่ม
หลังจากนั้น “Ash” ก็ได้เจอกับ “Koko” ไปที่ด้านบนเหนือน้ำตก และหลังจากนั้นเขาก็ตกลงมาจากท่อ หลังจากนั้น “Ash” จึงพาเขาตัว “Koko” ไปที่โปเกมอนเซนเตอร์ของเมือง Milyfa เพื่อการรักษา เมื่อ “Koko” ตื่นขึ้นมาเขาจึงตกใจและรีบหนีออกมา เพราะเนื่องจากเขาไม่เคยเห็นมนุษย์คนอื่นมาก่อน ทำให้ “Ash” และ “Pikachu” ต้องตามหาตัวของเขา